સર્વ વ્યાકરણોમાં, શ્રી પૂજ્યપાદ સ્વયં વિદ્વાનોના અધિપતિ હતા, અર્થાત્ સર્વ વ્યાકરણ પંડિતોમાં શિરોમણિ હતા. શબ્દાવતાર :
આ પણ વ્યાકરણનો ગ્રન્થ છે. તે પ્રખ્યાત વૈયાકરણ પાણિનીના વ્યાકરણ ઉપર લખેલો ‘શબ્દાવતાર’ નામનો ન્યાસ છે. ‘નગર’ તાલુકાના શિલાલેખમાં તેનો ઉલ્લેખ છે. સર્વાર્થસિદ્ધિ :
શ્રી ઉમાસ્વામી રચિત ‘તત્ત્વાર્થસૂત્ર’ની સંસ્કૃત ટીકારુપે આ ગ્રન્થ છે. ‘તત્ત્વાર્થસૂત્ર’ની આ સૌથી પ્રથમ ટીકા છે. તેની પછી શ્રી અકલંકદેવે ‘તત્ત્વાર્થ રાજવાર્તિક’ અને શ્રી વિદ્યાનંદે ‘તત્ત્વાર્થશ્લોક’ નામની ટીકાઓ લખી. આ ટીકાઓમાં ‘સર્વાર્થસિદ્ધિ’નો સારો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે અને તેનું ઠીક પ્રમાણમાં અનુસરણ કરવામાં આવ્યું છે. સિદ્ધાંત ગ્રન્થોમાં આ ગ્રન્થ બહુ જ પ્રમાણભૂત ગણાય છે અને જૈન સમાજમાં તેનું સારું મહત્વ અંકાય છે. સમાધિતંત્ર અને ઇષ્ટોપદેશ :
આ બંને આધ્યાત્મિક ગ્રન્થો છે. સમાધિતંત્રનું અપરનામ સમાધિશતક છે. તેની સં. ટીકા શ્રી પ્રભાચંદ્રે કરી છે અને ઇષ્ટોપદેશની સં. ટીકા પં. આશાધરજીએ કરી છે. બંને ગ્રંથો જૈન- સમાજમાં સુપ્રસિદ્ધ છે.
શ્રી પૂજ્યપાદાચાર્યે ‘સમાધિતંત્ર’માં શ્રી કુંદકુંદાચાર્ય જેવા પ્રાચીન આચાર્યોનાં આગમવાક્યોનું સફળતાપૂર્વક અનુસરણ કર્યું છે. મોક્ષપાહુડ, સમયસારાદિ આધ્યાત્મિક શાસ્ત્રોનો આંશિક પ્રતિધ્વનિ, આ ગ્રન્થમાં તુલનાત્મક દ્રષ્ટિવાળાને જરુર જણાયા વગર રહેશે નહિ.
શિલાલેખો, ઉપલબ્ધ ગ્રન્થો અને ઐતિહાસિક ગવેષણાથી જ્ઞાત થાય છે કે પૂજ્યપાદસ્વામી એક સુપ્રતિષ્ઠિત જૈન આચાર્ય, અદ્વિતીય વૈયાકરણ, મહાન દાર્શનિક, ધુરંધરકવિ, મહાન તપસ્વી અને યુગપ્રધાન યોગીન્દ્ર હતા. મહત્ત્વના વિષયો ઉપર તેમણે જે ગ્રન્થો રચ્યા છે તે તેમની અપાર વિદ્વત્તાની સાક્ષી પૂરે છે.
તેમના દિગંતવ્યાપી યશ અને વિદ્વત્તાથી આકર્ષાઈ કર્ણાટકના ઈ.સ. ૮મી, ૯મી, ૧૦મી શતાબ્દિના પ્રાય: સર્વ પ્રાચીન વિદ્વાન કવિઓએ પોતપોતાના ગ્રન્થોમાં બહુ ભક્તિ–ભાવભરી શ્રદ્ધાંજલિ અર્પી તેમની મુક્તકંઠે ખૂબ ખૂબ પ્રશંસા કરી છે.